课程设置合理，且不断改进，有基础课、核心课、方向选修课和活动课程4种类型。前2个类型目前共有16门，33个学分。选修课分为8个方向（企业战略、市场营销、人力资源、金融投资、企业投资与成长、电子商务、财务管理与国际贸易），每个方向4-5门课，6-8个学分。此外，每年开设至少12门英文授课课程。活动课程包括名师讲座、创业大赛、案例采集、企业实践等，可获得1-3个学分。
核心课程包括：宏观经济学、管理经济学、数据模型分析与决策、人力资源开发与管理、市场营销学、运营管理、战略管理、财务与金融、创业与投资、文化创意、互联网金融、实战商业大赛、创新创意创业大赛等等。
具体的课程内容可以参见南京大学MBA官网:
http://mba.nju.edu.cn/11661/list.htm
