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复旦大学创建于1905年，原名复旦公学。“复旦”二字由创始人、中国近代知名教育家马相伯先生选自《尚书大传虞夏传》中的“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息。
1937年抗战爆发后，学校内迁重庆北碚，并于1941年改为国立大学。1946年迁回上海江湾原址。1952年院系调整，复旦大学成为直属教育部领导的全国重点综合性大学。2000年4月，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学。
复旦大学把发展研究生教育视为建设世界一流大学的关键，始终以“提高研究生培养质量”为核心，不断调整和完善高层次专门人才的成才机制，努力营造浓厚的学术氛围，激发研究生的科研创新能力，促使研究生成为学校科研工作的生力军。
高水平科研论文保持良好势头，在校研究生在《Science》、《Nature》等国际顶级期刊上发表论文的数量稳步提升，表现出巨大的科研潜力。复旦大学2012年共有1篇博士学位论文入选全国优秀博士学位论文，另有11篇博士学位论文入选全国优秀博士学位论文提名论文。
至此，在1999年至2012年连续14届的全国百篇优秀博士学位论文评选活动中，复旦大学共获得全国优秀博士学位论文55篇，在全国高校中位列第三，并累计有70篇博士学位论文获得全国优秀博士学位论文提名。
经过多年内涵建设的探索和实践，复旦大学的研究生培养质量不断提高，令人瞩目。复旦大学的毕业研究生以其深厚的知识素养、出色的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞誉。