申请日本早稻田大学和京都大学研究生修士的条件

看得出来你了解的很多，了解的越多，越迷惑。但实际上，很多信息不需要了解，迷迷糊糊并不耽误你申请。比如你非要问他们的申请条件，谁能给你准确答案？大学也不会给你，所以不要再查了，否则很多信息会误导你的。
建议你换一个思路，基础的按部就班准备：日语JLPT、英语TOEFL、专业课高分（GPA）、研究成果（论文、调查报告等）、假期实践、研究计划等。
留学方面等大三下学期再开始：选择大学、选择方向、选择导师、选择留学步骤（语言学校、研究生或者直接考大学院）、申请导师、申请大学、参加考试等。比如京都大学AAO，需要提前申请，许可后再向各研究科提出申请。早稻田大学正常申请即可。其他大学各有政策，部分大学研究生还要去考试。
针对性的回答你的疑问。
关于挂科和成绩，aao一般的规律是gpa的3.5+，还要参考日语和英语、研究成果等来综合判断，也考虑同批次申请之间的比较，专业课挂科的很危险。早大一般也要3.5+，早大的开放性更强一些，因此会有很多特例。
关于toelf 85+申请这两所名校估计没有优势，toefl和六级无法对比，建议奔着ibt的100+去努力。这不只是大学的要求，更主要的是导师的要求，中国学生提供90+的太多了，他们都麻木了。和成绩单上的数据一样，没有最好，只有更好。
更为关键的是，你首先要考虑的是你将来的研究方向。比如京都大学，心理学在文学研究科的行动文化学专攻中有（认知）心理学，教育学研究科中有2个专攻分别是教育心理学和临床心理学。这之间的差别很大，你懂的。早稻田大学，文学研究科有综合的心理学专攻，人间科学研究科有临床和认知方向的心理学专攻，体育科学研究科有运动心理学专攻，教育学研究科也有教育心理学方面的专攻。